Во II части аниме Дзирайя после недолгого расследования выяснил, где скрывается таинственный лидер Акацуки Пэйн и решил отправиться к нему, в деревню Дождя. Однако увидев его, он узнал в нём Яхико, но удивился, что у него были глаза Нагато — риннэган. Во время сражения появились ещё пятеро похожих на Яхико рыжеволосых ниндзя с риннэганом, однако ни один из них не был Нагато. Несмотря на использование Дзирайей режима отшельника и призыва Симы и Фукасаку, Пэйну удалось смертельно ранить Саннина, однако тот успел оставить на спине Фукасаку зашифрованное послание для Наруто. Дзирайя, умирая, понял, что ниндзя, о котором говорится в предсказании мудреца жаб — это Наруто, и, последний раз улыбнувшись, он придумал название для своей новой, так и не написанной книги — «История об Удзумаки Наруто».

Узнав о смерти любимого учителя, юноша долгое время не находит себе место. Тем не менее Наруто удалось разгадать цифровой шифр — в виде номеров страниц и слов первой строки последней книги Дзирайи «Тактика обольщения» была зашифрована фраза «Настоящий ещё не с ними». Раскрытие этого кода помогло ниндзя Конохи понять, что тела Пэйна управляются кем-то со стороны.

В бою использовал техники стихий Огня и Земли, Режим Отшельника, а также техники, связанные с взаимодействием с жабами. Обучился у Минато Расэнгану.