Гэндзюцу (яп. «Техники иллюзий»?) — особые методы наложения иллюзий на другого человека. В отличие от атаки тела жертвы в ниндзюцу, гэндзюцу заключается в манипулировании потоком чакры в мозгу жертвы, тем самым нарушая его восприятие окружающего пространства. Таким образом можно заставить человека думать, что ему причиняют боль, хотя на самом деле это не так. Поскольку средства наложения гэндзюцу ориентированы именно на высокоорганизованный мозг (человека или крупного животного), то это делает практически невозможным манипуляции насекомыми, что даёт определённое преимущество тем, кто с ними обращается, к примеру, клану Абурамэ.
Какаси Хатакэ, попавший в гэндзюцу Итати Утихи: ему кажется, что он — сгорающий листок бумаги.

Способы наложения гэндзюцу различны:

    * Точечное вливание собственной чакры в тело жертвы.
    * Звуковые вибрации (как у Таюи), позволяющие ниндзя находиться вне поля зрения своей жертвы.
    * Воздействие додзюцу, к примеру сярингана (у членов клана Утиха).

Также различны и способы нейтрализации гэндзюцу:

    * Остановка собственно потока чакры (т. н. Остановка Гэндзюцу (яп.Гэндзюцу Кай?)).
    * Соратник попавшего в иллюзию должен насильно впустить ему в организм свою чакру.
    * Преодоление техники с помощью сярингана. (Этот способ возможен только для членов клана Утиха, а также тех, кому сяринган был пересажен)
    * Длительная тренировка способностей собственного обычного глаза (не додзюцу). По словам Дэйдары он научился противостоять гэндзюцу, долгое время общаясь с Итати.
    * Каким-либо образом помешать созданию гэндзюцу. К примеру, Майто Гай, оказавшись перед Итати, когда тот вместе с Кисамэ посетил Коноху, просто не смотрел ему в глаза, а действия противника оценивал по движению ног.

Стоит заметить, что эффективность как способов наложения, так и способов снятия гэндзюцу зависит от силы ниндзя, выполняющего это.